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不可忽视的是，在理想实验条件下，将已知结构的配体重新嵌入蛋白结合位点犹如完成拼图游戏。然而在实际酶工程设计中，蛋白质呈现动态特性——侧链旋转、骨架伸缩、结合口袋形态持续变化。如何在动态结构中准确预测结合模式已成为行业公认的技术瓶颈。
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